[lid] La ricerca pubblicata oggi riunisce per la prima volta l’epidemiologia e l’evoluzione del virus SARS-CoV-2 nel Regno Unito durante i primi tre anni della pandemia, compreso il modo in cui le varianti sono emerse e si sono diffuse.

Una nuova ricerca pubblicata oggi negli Atti della Royal Society B utilizza i dati dell’Office for National Statistics COVID-19 Infection Survey ( ONS-CIS ) per spiegare come si è sviluppata la pandemia di COVID-19 nel Regno Unito durante i primi tre anni della pandemia . 

Oltre a raccontare la storia di come le diverse varianti si sono evolute e diffuse, il lavoro aiuterà i governi e le organizzazioni a progettare le migliori strategie di sorveglianza per i futuri agenti patogeni respiratori.  

Il lavoro è stato svolto congiuntamente dalla professoressa Katrina Lythgoe , ricercatrice e ricercatrice del Pandemic Sciences Institute (PSI) presso il Big Data Institute (BDI)/Dipartimento di medicina di Nuffield (NDM) e Dipartimento di biologia e dalla dott.ssa Tanya Golubchik ex ricercatrice BDI/NDM. Altri colleghi dell’Università di Oxford coinvolti includono il professor David Bonsall (NDM), il dottor Matthew Hall (BDI/NDM), la professoressa Sarah Walker (NDM) e il professor Thomas House (Università di Manchester). 

Il progetto è stato realizzato in collaborazione con il COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK) e altri partner. 

Nell’ambito del gruppo che genera e analizza i dati per l’indagine sull’infezione da COVID-19 dell’Ufficio per le statistiche nazionali, i ricercatori hanno identificato modelli di diffusione del virus e varianti che potrebbero rappresentare un rischio particolare, alimentando il processo decisionale del governo su base settimanale. 

Il professor Lythgoe e colleghi hanno ora esaminato questi dati per raccontare la storia della pandemia. Il loro lavoro avvia una nuova fase nel modo in cui verranno utilizzati i dati ONS-CIS.  

Come si sono evolute e diffuse le varianti del COVID-19

Il gruppo ha analizzato oltre 125.000 sequenze SARS-CoV-2 di alta qualità raccolte durante i primi tre anni di ONS-CIS. Da questi, hanno ricostruito come le diverse varianti del virus SARS-CoV-2 sono emerse, si sono diffuse e si sono evolute mentre si diffondevano nella popolazione del Regno Unito.  

Nel loro articolo, hanno dimostrato che ciascuna delle principali linee di virus emerse poteva diffondersi sostanzialmente più velocemente delle altre varianti circolanti all’epoca.  

Man mano che ogni linea si diffondeva, il virus si evolveva gradualmente e diventava più diversificato, ma ogni volta che emergeva una nuova linea importante si verificava un aumento graduale dell’evoluzione del virus, rispetto al virus originale circolante a Wuhan, in Cina. Questo modello distintivo di evoluzione della sequenza si è ripetuto più e più volte durante il periodo di tre anni. 

Lezioni per la futura sorveglianza delle malattie

Lo sforzo di sequenziamento genomico del SARS-CoV-2 nel Regno Unito è stato enorme, con oltre 3 milioni di sequenze raccolte nell’ambito di COG-UK. 

Il professor Lythgoe e i suoi colleghi sono stati in grado di ricostruire informazioni chiave su come il virus si è diffuso nella popolazione del Regno Unito e su come la sua sequenza si è evoluta utilizzando l’unica percentuale molto piccola di sequenze ottenute nell’ambito dell’ONS-CIS.  

La professoressa Katrina Lythgoe ha dichiarato: “In questo studio abbiamo dimostrato che possiamo ricostruire ciò che è accaduto durante la pandemia di COVID-19 con una frazione del campionamento che abbiamo effettuato nel Regno Unito. 

“Ciò dimostra che possiamo iniziare a pensare in modo molto più intelligente alla quantità di campioni da effettuare quando si progettano studi di sorveglianza per future epidemie, sia nel Regno Unito che in altri paesi”.  

Il set di dati ONS-CIS fornirà un trampolino di lancio per studi futuri per aiutare a comprendere meglio il COVID-19 e altri agenti patogeni respiratori. La studentessa DPhil Charu Sharma si sta imbarcando in questo lavoro nel laboratorio del professor Lythgoe al PSI, supportato da una borsa di studio della Moh Family Foundation.

https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rspb.2023.1284